K založení Muzea Vysočiny v Jihlavě došlo na konci 19. století. Tehdy založili Muzejní spolek, který byl německý a zpřístupnil několik místností v měšťanské škole. V padesátých letech se přestěhovali do historických domů přímo na náměstí. A později k nim přibyly také okresní muzea v Telči a v Třešti a hrad Roštejn.

V Jihlavě se představuje několik stálých expozic a sezónních výstav. Ve zdejším Malovaném sále se konají pestré přednášky.

Stálé výstavy

• Od gotiky po současnost – osm století v historii města: gotická Jihlavě, renesance, baroko, 19. a 20. století.
• Živá příroda Českomoravské vrchoviny – od dob ledových, otevřená krajina, vody a mokřady, lesy
• Krása středověké plastiky – pozdně gotické plastiky z Vysočiny
• Dolování a mincování na Českomoravské vrchovině – ve sklepení středověkého domu evokuje expozice hornické prostředí
• Geologie Českomoravské vrchoviny – charakteristika a ukázky hornin
• Lapidárium – náhrobní kameny a kamenné architektonické části kostelů