Podle pověsti kostel založili benediktini z Třebíče, kteří dosazovali kněze na budišovskou faru. Prý zde také pochovali svého posledního opata. První historickou písemnou zprávu o kostelu však máme dochovanou až z roku 1414, kdy byl kostel rozšířen o kapli svatého Gotharda.
Počátky jsou známé mimo jiné díky léčivému prameni vytékajícímu ze země asi tři kilometry od města. Lázně pojmenované po svaté Kateřině jsou dodnes hojně navštěvované. Poprvé byl kostel na tomto místě připomínán již někdy před rokem 1586. Nynější vrcholně barokní stavba vznikla kolem roku 1730.
Dominantní stavba barokního farního kostela z poloviny 18. století je zajímavá nejenom tím, že dala jméno celé obci, ale zejména svým zasvěcením sv. Tomáši Becketovi. V naší republice je možné najít pouze dva takové kostely, druhý se nachází až v Mohelnici na Moravě.
Díky iniciativě a finanční podpoře ze strany ovdovělé Františky Slavatové z Chlumu a Košumberka, která jezuitský řád do města povolala, si mohli jezuité dovolit postavit vlastní kolej, dům třetí probace (dnešní č. p. 2) s vedlejším kostelem Jména Ježíš, seminář sv. Andělů (dnes č. p. 74), budovu jezuitského gymnázia a několik dalších staveb.
První písemné zmínky o farním kostele svatého Mikuláše pocházejí z roku 1233. Kostel byl původně budován jako trojlodní gotická stavba s transeptem. Zřejmě z finančních důvodů nebyl ale dokončen a ze zamýšlených plánů bylo zbudováno pouze kněžiště s hlavní lodí. Kolem roku 1600 došlo k přistavění podvěží s malou vížkou. O rok později byl Janem Kosteleckým odlit a následně umístěn do zvonice zvon Jiří.
Původně románský kostel, doložitelný pramenem z roku 1226, tvořil opevněný celek s nedalekou farou, dříve tvrzí. Po polovině 14. století došlo ke gotické přestavbě dle návrhů architekta Jana Blažeje Santiniho.
Historický morový průvod v Brtnici se vztahuje k památce obětí morové epidemie, která zde propukla v roce 1715. Mor sužoval město od jara do podzimu a odešel na svátek sv. Rocha, ochránce proti moru. Morová rána si vyžádala celkem 183 obětí (124 křesťanů a 59 židů).
